Ziel der Stiftung ist eine freie, gleichberechtigte Gesellschaft, die ihre Ressourcen ökologisch verträglich und sozial gerecht nutzt. Schwerpunkt der Initiativen der MaLisa Stiftung ist die Darstellung der Geschlechter im Bewegtbild, in der Musik und deren gesellschaftliche Auswirkungen sowie seit 2022 die Förderung von Klima- und Artenschutz. Die Stiftung initiiert Forschung, fördert die Vernetzung und Unterstützung relevanter Akteurinnen und Akteure.